تتكون مديرية إدارة الأداء المؤسسي من الأقسام التالية :
- قسم التخطيط
- قسم نظام الإدارة المتكامل
- قسم متابعة وتقييم الأداء المؤسسي
- قسم الرقابة المالية
- قسم الإعلام
تقوم مديرية إدارة الأداء المؤسسي بالمهام التالية :1- تطوير وتوثيق نظام إدارة المؤسسة المتكامل والإشراف على تطبيقه و مراجعته والمحافظة عليه وتحسينه .
2- تقييم ومتابعة أداء عمليات المؤسسة والمساندة والعمل على تحسين فعاليتها وكفاءتها من خلال متابعة وتقييم معايير الأداء الرئيسية .
3- إدارة العلاقات مع الجهات ذات العلاقة .